Oddělení klinických hodnocení zajišťuje administrativní a odbornou podporu provádění klinických hodnocení na jednotlivých klinikách FNKV spočívající v evidenci klinických hodnocení, negociaci smluv a dodatků o klinickém hodnocení léčiv a zdravotnických prostředků, včetně přípravy rozpočtů, kontrole a zpracování podkladů pro fakturaci, fakturaci a kontrole splatnosti faktur, přípravě podkladů pro výplatu mzdy členům týmů klinického hodnocení pro personální úsek, spolupráci s etickou komisí, zpracování finančních přehledů a statistik, organizaci školení GCP, spolupráci při zajištění kontrol a auditů, archivaci dokumentace ukončených studií, koordinaci archivace studijní dokumentace z klinik.